第1章：遥かなる旅立ち
2012年4月7日公開
ストーリー
時に西暦2199年、謎の敵ガミラスからの攻撃で、地球は放射能に汚染され、壊滅間近だった。
そんなとき、遥か彼方の惑星イスカンダルからメッセージが届く。その星には放射能除去装置があるというのだ。
一刻も争う状況に、密かに改造されていた宇宙戦艦ヤマトとその乗組員たちがイスカンダルへ向かうミッションを任されることに。
【各話タイトル】
1話：イスカンダルの使者
2話：我が赴くは星の海原
第2章：太陽圏の死闘
2012年6月30日公開
ストーリー
16万8000光年彼方の惑星イスカンダルを目指す宇宙戦艦ヤマトは、ワープや波動砲のテストをしながら太陽系を進んでいたが、ガミラスの軍勢がその行く手を阻む。
古代進率いるヤマトの航空隊は、ガミラスの冥王星基地を叩くため発進するが、敵のシュルツ基地司令は強力な反射惑星砲で古代らを迎え撃つ。
【各話タイトル】
3話：木星圏脱出
4話：氷原の墓標
5話：死角なき罠
6話：冥王の落日
第3章：果てしなき航海
2012年10月13日公開
ストーリー
太陽系を脱し、外宇宙への航海に乗り出したヤマトだったが、冥王星基地を破壊されたシュルツの追跡や、敵の総統デスラーが公案した作戦により、絶体絶命の危機に追い込まれていく。
【各話タイトル】
7話：太陽圏に別れを告げて
8話：星に願いを
9話：時計仕掛けの虜囚
10話：大宇宙の墓場
第4章：銀河辺境の攻防
2013年1月12日公開
ストーリー
ガミラスと人類のファーストコンタクトの真相をめぐり、しこりの残った古代と島。やがてベテラン機関士の山崎や沖田艦長の口から真実が語られるが……。
一方、ガミラス本星ではデスラー総統がドメルにヤマト討伐を命じ、ドメル配下となったフラーケンが操る次元潜航艦がヤマトを襲う。
【各話タイトル】
11話：いつか見た世界
12話：その果てにあるもの
13話：異次元の狼
14話：魔女はささやく
第5章：望郷の銀河間空間
2013年4月13日公開
ストーリー
ガミラスの威力偵察を回避するためワープアウトしたヤマトの前に、ガミラスの大艦隊が出現。
ドメルの策略にはまってしまう。
各所で内部反乱も巻き起こり、状況は悪化していくが……。
【各話タイトル】
15話：帰還限界点
16話：未来への選択
17話：記憶の森から
18話：昏き光を超えて
第6章：到達！大マゼラン
2013年6月15日公開
ストーリー
ついに大マゼラン銀河に到達したヤマトに対し、ガミラスのデスラー総統はドメル将軍に再びヤマト迎撃の命令を下す。
宇宙の難所「七色星団」でドメル率いる艦隊と対峙したヤマトは苦戦を強いられるが、その危機を脱するため沖田がある策を練る。
【各話タイトル】
19話：彼らは来た
20話：七色の陽のもとに
21話：第十七収容所惑星
22話：向かうべき星
第7章：そして艦は行く
2013年8月24日公開
ストーリー
イスカンダルとガミラスが存在するサレザー恒星系にワープアウトしたヤマトを高エネルギー体が襲い、沖田艦長は窮地を逃れるため惑星ガミラスへの突入を命じる。
ガミラスとの死闘をくぐり抜けたヤマトは、ついにイスカンダルへと到達するが、イスカンダルの女王スターシャは、ヤマトクルーに思いもよらぬことを告げる。
【各話タイトル】
23話：たった一人の戦争
24話：遥かなる約束の地
25話：終わりなき戦い
26話：青い星の記憶