第1章：嚆矢篇
2017年2月25日公開
ストーリー
イスカンダルへの航海から3年。コスモリバースシステムによってよみがえった地球は、ガミラス帝国とも和平条約を結び、復興を遂げようとしていた。しかし、そんな地球に、宇宙を席巻するガトランティスの脅威が迫っていた。
【各話タイトル】
1話：西暦2202年・甦れ宇宙戦艦ヤマト
2話：緊迫・月面大使館に潜行せよ
第2章：発進篇
2017年6月24日公開
ストーリー
謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われ、月面でガミラスの大使バレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。
地球に戻った古代は「コスモリバースシステム」がもたらした負の遺産の存在を知り、テレサから送られてきたメッセージに応えるべきと訴えかけるが、地球政府の上層部は掛け合ってくれない。
発進許可が得られないヤマトだったが、古代とクルーたちは、反逆と捉えられても仕方のない独断で、出航を決意する。
【各話タイトル】
3話：衝撃・コスモリバースの遺産
4話：未知への発進！
5話：激突！ヤマト対アンドロメダ
6話：死闘・第十一番惑星
第3章：純愛篇
2017年10月14日公開
ストーリー
おびただしい数のガトランティス艦隊に対し、波動砲を封印した今のヤマトには為す術がなく、ヤマトに密航していた雪は、苦難の連続の古代を見かねて姿を現すが、それでも事態は好転しない。
やがて必要に迫られて惑星シュトラバーゼへと立ち寄ったヤマトに、巨大な2つの罠が襲いかかる。
そして古代は、アケーリアス文明の遺跡の中でガトランティスの意思を体現する男と出会い、宇宙の真理として絶対的な「愛」を説く男から、「おまえの愛を示せ」と恐るべき選択を迫られる。
【各話タイトル】
7話：光芒一閃！波動砲の輝き
8話：惑星シュトラバーゼの罠！
9話：ズォーダー、悪魔の選択
10話：幻惑・危機を呼ぶ宇宙ホタル
第4章：天命篇
2018年1月27日公開
ストーリー
艦内で浮上したスパイ疑惑や、ガトランティスの母体たる白色彗星との遭遇など、数々の困難を乗り越え、テレザートへと到達したヤマト。
しかし、そこにはゴーランド率いる守備艦隊やサバイバルの陸戦師団が待ち受けていた。
【各話タイトル】
11話：デスラーの挑戦！
12話：驚異の白色彗星帝国・ヤマト強行突破！
13話：テレザート上陸作戦・敵ミサイル艦隊を叩け！
14話：ザバイバル猛攻・テレサを発見せよ
第5章：煉獄篇
2018年5月25日公開
ストーリー
伝説の惑星テレザートへ到達したヤマトの前に、かつての仇敵デスラーが姿を現し、ヤマトはガミラス旧体制派が集ったデスラー艦隊との交戦に入る。
そんな中、古代たちのもとへ駆けつけたキーマンが、驚くべき行動をとる。
一方、ガトランティスでは新たなサーベラーが目覚め、本格的な地球侵攻作戦が開始。
あらゆる文明や生命を殲滅しようとするガトランティスと、旗艦アンドロメダを中心とした波動砲艦隊が激突する。
【各話タイトル】
15話：テレサよ、デスラーのために泣け！
16話：さらばテレサよ！二人のデスラーに花束を
17話：土星沖海戦・波動砲艦隊集結せよ！
18話：ヤマト絶体絶命・悪魔の選択再び
第6章：回生篇
2018年11月2日公開
ストーリー
ヤマトが沈み、波動砲艦隊も壊滅的な打撃を受け、強大なガトランティスを前になす術をなくしたかに見えた地球人類。
しかし、ヤマトの意志を受け継ぐ新たな宇宙戦艦、ヤマト級「銀河」が、かつて地球と戦ったガミラスの艦隊とともに出撃。
圧倒的な数を誇るガトランティスに対し、地球・ガミラス連合軍は時間断層工場をフル稼働し、徹底抗戦の構えを見せるが……。
【各話タイトル】
19話：ヤマトを継ぐもの、その名は銀河
20話：ガトランティス、呪われし子ら
21話：悪夢からの脱出！！
22話：宿命の対決！
第7章：新星篇
2019年3月1日公開
ストーリー
悪魔のような選択を突きつけられたキーマンだったが、「縁」の連なりがなす奇跡が事態を思わぬ方向へと導いていく。
一方、ガトランティスを滅ぼす力である「ゴレム」を奪取すべく、都市帝国の中枢へと突撃したヤマトは、無数の砲火にさらされる。
【各話タイトル】
23話：愛の戦士たち
24話：ヤマト、彗星帝国を攻略せよ！
25話：さらば宇宙戦艦ヤマト
26話：地球よ、ヤマトは…