第1章：黒の侵略
2024年7月19日公開
ストーリー
時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。
突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。
地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。
音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。
もはや地球には抗う術はないのか――。
そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。
「ヤマトへ集結せよ!!」
そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?
人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。
【各話タイトル】
1話：秘密作戦発動！ ヤマトへ向かえ!!
2話：静かなる侵略・銀河よ武器をとれ！
第2章：赤日の出撃
2024年11月22日公開
ストーリー
遂に新都湾岸部にデザリアムの巨大移動要塞〈グランドリバース〉が降着した。
地球を制圧したデザリアム・聖総統スカルダートは「われわれはあなたです」と人々に1000年に及ぶ歴史を説く。
彼らは破滅へと向かう地球の未来を変えるため”イスカンダルの欠片”を探していた。
驚くべきことに、彼らは”敵”ではなかったのである!!
一方、旧ヤマト艦隊クルーは、新生・宇宙戦艦ヤマトが待つイカロス天文台へと到達していた。
しかし森雪を失った古代進は、失意のあまり指揮できる状態にはない。
デザリアムのアルフォン少佐の手で、愛する雪が介抱されていたとは知る由もなく……。
果たしてデザリアムとは何者なのか!? その本当の目的とは!?
全ての謎の答えを求めて、いまヤマトが発進する!!
【各話タイトル】
3話：衝撃！ デザリアム暗黒の千年史
4話：号砲一発!! 新・宇宙戦艦ヤマト始動
5話：激闘！ 透明戦艦を叩け!!
6話：アルフォン潜入！ サーシャをとりもどせ!!
第3章：群青のアステロイド
2025年4月11日公開
ストーリー
宇宙戦艦ヤマトが不在となった地球では、デザリアムと共存する奇妙な日常が始まろうとしていた。
あの加藤三郎の忘れ形見・翼が通う小学校にも、デザリアムの少女フルールが転入。
彼らは次第に周囲に馴染み、人々はそれを受け入れていく――。
だが本当にデザリアムは、不幸な歴史を変えるために現れた善意の使者なのか。
旧ヤマト艦隊クルーを中心とするパルチザンはその正体を世間に訴えるべく、大規模な反抗作戦を計画するのだが……。
一方、宇宙戦艦ヤマトは透明戦艦グロデーズの追撃を振り切り、ガルマン星系に立ち入ろうとしていた――。
すべてを失った古代進は、再び立ち上がることができるのか。
そしてさらわれたサーシャの運命はいかに――!?
【各話タイトル】
7話：魔のオルフェ宙域・ヤマト、奇襲に賭けろ！
8話：宇宙戦艦アリゾナ始動！ デザリアムの正体を暴け!!
9話：引き裂かれた友情！ ヤマト、決死の亜空間突破!!
10話：デウスーラIII猛攻！ 驚異のアステロイド作戦!!
第4章：水色の乙女
2025年10月10日公開
ストーリー
ガミラスの新たな故郷・ガルマン星へ。
そこで待っていたのはデスラー総統だけではなかった。
17歳へと成長したサーシャ。
かつて失われた幼い少女との、ありえない再会。
戸惑いと喜びの狭間で、古代の心は揺れる。
一方、地球ではマザー・デザリアムの計画が新たな段階を迎えていた。
策謀渦巻く社交の場に現れたのは、ドレスに身を包んだ雪。
敵であるアルフォンに寄り添う彼女の胸に秘めた覚悟とは――。
ガルマン星系にはボラー連邦に従うバース星のラジェンドラ艦隊が侵入。
ヤマトは、二大勢力の紛争に巻き込まれていく。
迫り来る惑星破壊ミサイル。
果たして、ヤマトはガルマン星を救い、「ウラリアの魔女」の正体に迫ることができるのか――！？